Dovizioso no se despide de la pelea por el título y consiguió la pole position.
Andrea Dovizioso quiere alargar el Mundial. El de Forlí logró una gran pole en Motegi evidenciando su fortaleza en Japón. Márquez sólo pudo ser sexto y se complica su opción de cerrar el campeonato, pues tendría que quedar delante del italiano.
La caída en el último minuto del cuarto entrenamiento libre no pareció afectarle nada a Marc. Salió fuerte, hizo 1:45.1, pero eso sólo le valía para ser cuarto. Crutchlow sorprendía con un gran 1:44.9. Pedrosa tuvo una primera intentona mala. Se quedaba a un segundo y undécimo.
En su segunda vuelta, el ilerdense ya se ponía segundo, con 1:45.0, superando a Dovizioso, Iannone y Rossi. Viñales era séptimo.
El de Cervera volvió a salir con una combinación de goma media delante y blanda atrás. Andrea, por ejemplo, iba con la opción más blanda en ambos neumáticos, como Vale o Maverick. Crutchlow, que había realizado el mejor tiempo con el duro delantero, ponía el medio.
Márquez lograba la pole provisional, pero era un espejismo. Con su referencia, Miller le mejoraba. Después, lo hacía Zarco y, más tarde, Dovi, con 1:45.590 dejaba claro quién es el más fuerte en esta pista.
Faltaba un intento final. Miller perdió sus opciones al caerse. Y Marc, quien tras dos parciales buenos tenía posibilidades, erró en el tercer parcial. Zarco era el peligro para el de Ducati, pero no le superó. Los italianos festejaban la pole de Andrea. Quiere seguir aguando la fiesta a Márquez, que sólo pudo ser sexto, delante de Viñales, Rins, Rossi y Bautista.
Curiosamente, Marc iguala sus peores resultados en calificación del año, que fueron dos sextos puestos en Argentina y Mugello. Se da el caso de que son las únicas carreras en las que el catalán no puntuó. Es la segunda pole de Dovizioso de toda la campaña 2018.
Resultados de la clasificación – Moto GP Motegi, Japón:
| Posición | Piloto | Marca | Tiempo |
| 1 | Andrea Dovizioso |  Ducati Team |
1:44.590 |
| 2 | Johann Zarco |  Monster Yamaha Tech 3 |
0.068 |
| 3 | Jack Miller |  Alma Pramac Racing |
0.137 |
| 4 | Cal Crutchlow |  LCR Honda Castrol |
0.230 |
| 5 | Andrea Iannone |  Team Suzuki Ecstar |
0.242 |
| 6 | Marc Marquez |  Repsol Honda Team |
0.299 |
| 7 | Maverick Viñales |  Movistar Yamaha MotoGP |
0.550 |
| 8 | Alex Rins | Team Suzuki Ecstar |
0.635 |
| 9 | Valentino Rossi | Movistar Yamaha MotoGP |
0.675 |
| 10 | Álvaro Bautista |  Ángel Nieto Team |
0.806 |